در دوم اردیبهشت ماه ۱۳۵۸، در پی تنش داخلی در منطقۀ خوزستان و به ویژه شهر خرمشهر، آیت‌الله شیخ محمدطاهر آل‌شبیر خاقانی که از مراجع تقلید سرشناس خرمشهر بود، اعلام کرد قصد دارد به نشانه اعتراض کشور را ترک کند. در واکنش به این خبر آیت‌الله طالقانی با ارسال پیامی ضمن دلجویی از او، با اشاره به موافقت امام خمینی با تشکیل شوراهای محلی، این ایده را راهکار حل مسائل منطقه‌ای عنوان کرد و از آل شبیر خواست تا زمان تشکیل شوراها مشکلات را تحمل کند.