آیت‌الله طالقانی در پیامی به تاریخ ۲۸ بهمن ۱۳۵۷، یک هفته بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، به اطلاع مردم می‌رساند که در عزل و نصب مقامات حکومت جدید دخالتی نخواهد کرد. او ضمن اعلام اعتماد کامل خود به مهدی بازرگان، نخست وزیر دولت موقت، از مردم درخواست می‌کند تا برای معرفی افراد به او مراجعه نکنند.

از ۲۱ بهمن ۱۳۵۷ درگیری مسلحانه بین نیروهای انقلابی و عوامل حکومت شاهنشاهی شدت گرفت. از جمله، افسران گارد شاهنشاهی برای سرکوب همافران به پایگاه نیروی هوایی فرح‌آباد حمله کردند که به درگیری مسلحانه دو طرف منجر شد. آیت‌الله طالقانی به این مناسبت پیامی صادر کرد و ضمن دعوت هر دو طرف به آرامش، خواهان مجازات مهاجمان به این پایگاه شد.

آیت‌الله طالقانی در اعلامیه‌ای که در شمارۀ روز هجدهم بهمن ماه ۱۳۵۷ روزنامۀ اطلاعات منتشر شده است، ضمن اشاره به در جریان بودن توطئه‌هایی برای ایجاد اخلال در روند انقلاب مردمی و تأکید بر عدم انتقام‌گیری از مأموران حکومت پهلوی، دفاع از جان، مال و ناموس را در شرایطی که تهدید جدی وجود دارد، مشروع می‌شمارد.