پس از پیروزی انقلاب اسلامی، هیأت‌های خارجی بسیاری به ایران آمدند که اغلب آنها با طالقانی دیدار می کردند. از جمله این که هیأت لبنانی به همراهی مصطفی چمران به دیدار ایشان آمدند و نیز هیأتی به نمایندگی جبهه آزادی بخش پولیساریو (صحرای غربی) به سرپرستی بشیر مصطفی السید با طالقانی دیدار کردند. هیأتی از لیبی نیز به سرپرستی عبدالسلام جلود در چهارم اردیبهشت به ملاقات ایشان آمدند.
یاسر عرفات، رئیس سازمان آزادی‌بخش فلسطین، در ۲۸ بهمن ۱۳۵۷ و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، به ایران سفر کرد. عرفات در جریان این سفر تاریخی، سفارت فلسطین در ایران را افتتاح کرد و به دیدار آیت‌الله طالقانی در دفتر موقت او- که در منزل خلیل رضایی (پدر رضایی‌ها از اعضای سازمان مجاهدین خلق اولیه) بود- رفت. طالقانی در ابتدای این دیدار، طی سخنانی همبستگی ملت ایران با مردم فلسطین را اعلام و نسبت به محقق شدن چنین دیداری ابراز شادی و شگفتی کرد.
متن زیر گزارش روزنامۀ اطلاعات از سخنان طالقانی در این دیدار است.
آیت الله طالقانی کمی بعد از آزادی از زندان در پاییز ۱۳۵۷، در اعلامیه‌ای به تاریخ چهارم محرم برابر با ۱۴ آذر ۱۳۵۷، از مردم خواست که در روز تاسوعا که مصادف با سالروز صدور اعلامیۀ حقوق بشر نیز بود، در سراسر ایران راهپیمایی کنند. این اعلامیه در حالی صادر شد که در تهران و برخی از شهرهای دیگر حکومت نظامی برقرار و تظاهرات و تجمع مردم، ممنوع بود. پس از صدور اعلامیه، حکومت پهلوی بر طالقانی فشار آورد که اعلامیه‌اش را پس بگیرد اما علی‌رغم فشارها، راهپیمایی تاسوعا برگزار شد که مقدمه‌ای برای برگزاری راهپیمایی عاشورا نیز شد.
از صبح روز تاسوعا، مصادف با ۱۹ آذر ۱۳۵۷، مردم از نقاط مختلف شهر به طرف میدان آزادی (شهیاد سابق) حرکت کردند. راهپیمایی تاسوعا در تهران از عظیم‌ترین و پرجمیت‌ترین راهپیمایی‌های سال ۵۷ به شمار می‌رود. آیت‌الله طالقانی نیز از خیابان شمیران با همراهان خود تا میدان فردوسی پیاده آمد و سپس به اصرار آنها باقی مسیر را با ماشین فولکس استیشنی که برای این کار آماده شده بود طی کرد. نماز ظهر تاسوعا و عاشورا به امامت آیت‌الله طالقانی در میدان آزادی تهران و با حضور راهپیمایان اقامه شد.
آیت‌الله طالقانی در پنجم تیر ماه ۱۳۴۲ پس از سخنرانی‌های متعدد بر علیه رژیم شاه، همکاری با جبهۀ ملی و نهضت آزادی و مخالفت با انقلاب سفید دستگیر و زندانی شد.
او در کنار دیگر سران نهضت آزادی در دادگاهی نظامی محاکمه شد. این دادگاه یکی از طولانی‌ترین دادگاه‌های نظامی این دوران به شمار می‌رود. آیت‌الله طالقانی و مهدی بازرگان در این دادگاه، هر کدام به ده سال حبس محکوم شدند.
طالقانی در نخستین جلسۀ دیدارش با وکیل مدافع خود، سرهنگ غلامرضا نجاتی، گفت: «این‌ها به حساب خودشان می‌خواهند ما را در یک دادگاه نظامی به اصطلاح علنی، با تظاهر به رعایت اصول و ضوابط دادرسی، از قبیل حق انتخاب وکلای مدافع، حق دفاع، حضور نمایندگان مطبوعات و انتشار اخبار دادگاه و غیره، محاکمه کنند. این ظاهر قضیه است. اما قصد و نیت واقعی آنها این است که بی سر و صدا محکوممان کنند. در کیفرخواست دادستان ارتش، اتهام ما ضدیت با سلطنت مشروطه، اقدام علیه امنیت و استقلال کشور و اهانت به شاه است. دادگاه هم فرمایشی و نظامی است و وکلای مدافع هم باید نظامی باشند و از افراد مورد نظر دستگاه که در دو-سه جلسه، حرف‌هایی بزنند و دست آخر از دادگاه تقاضای عفو و بخشایش ما را از اعلیحضرت بکنند. این برنامۀ آنهاست. ما هم هدف و برنامه داریم و می‌خواهیم فریادمان را به گوش مردم ایران و جهانیان برسانیم و خیانت‌های شاه و رژیم او را فاش کنیم. بدین منظور به وکلایی نیاز داریم که خوش‌نام، شجاع، مبارز و وطن‌پرست باشند…دفاع از ما که تأثیری در سرنوشت ما نخواهد داشت؛ دفاع از آزادی و دفاع از حق علیه باطل است.»
در مدتی که طالقانی در بند بود، نامه‌ها و تلگراف‌های متعددی از روحانیون و مراجع تقلید در حمایت از وی و بازرگان و سحابی به او رسید.
آیت‌الله طالقانی در زندان شماره چهار قصر دست به فعالیت‌هایی از جمله برگزاری مراسم عزاداری و سخنرانی تاسوعا و عاشورا، خواندن خطبه‌های نماز جمعه و برگزاری نماز جماعت، برگزاری تریبون آزاد در شب‌های جمعه، جلسات تفسیر قرآن و نهج‌البلاغه را به جای می‌آورد و همچنین تدوین اولین جزء تفسیر پرتوی از قرآن را آغاز کرد.
سرانجام، رژیم شاه به سبب فشار محافل بین‌المللی طرفدار حقوق بشر مجبور شد آیت‌الله طالقانی و مهدی بازرگان را پس از تحمل پنج سال حبس، در تاریخ ۴ آبان ۱۳۴۶ آزاد کند.
آیت‌الله طالقانی اولین سخنران اولین کنگره جبهه ملی دوم بود. این کنگره از چهارم دی ۱۳۴۱ آغاز شد و تا یازدهم دی ماه ادامه داشت. افتتاحیه کنگره مصادف با مبعث پیامبر بود و به همین مناسبت آیت‌الله طالقانی به عنوان اولین سخنران انتخاب شد. او در این سخنرانی ضمن ارائۀ تفسیری کوتاه از سورۀ مدثر، بر اصول مبارزه بر پایه مکتب اسلام تأکید کرد و برخورداری از حسن‌نیت، صمیمیت و دوری از هرگونه حبّ قدرت و ریاست را برای به سرانجام رساندن مسئولیت بزرگی که اعضای جبهه ملی به دنبال تحقق آن بودند، ضروری دانست.
این کنگره در منزل حاج حسن قاسمیه برگزار شده و یکی از مهمترین کنگره‌های جبهه ملی بوده است. ریاست کنگره با الله‌یار صالح بود و نواب رئیس، کریم سنجابی و مهدی آذر بودند. در این کنگره علی‌رغم بحث‌ها و برخی موافقت‌ها، عضویت نهضت آزادی که آیت‌الله طالقانی از رهبران آن بود، در جبهه ملی دوم پذیرفته نشد.
برگزاری نماز جماعت، از جمله نماز عید فطر، از موضوعات مورد توجه آیت‌الله طالقانی بود. مجموعه عکس پیش رو، تصاویر اقامۀ نماز عید فطر به امامت او در سال‌های ۱۳۳۶ تا ۱۳۴۰ است. در مقطع پس از کودتای ۲۸ مرداد و پیش از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ ، برگزاری همین اجتماعات که غالباً به همت انجمن اسلامی برگزار می‌شد، به وحدت و ارتباط میان مبارزان مسلمان یاری می‌رساند.
کلیه حق و حقوق برای مجتمع فرهنگی آیت الله طالقانی محفوظ می باشد.
