آیت‌الله طالقانی به نماز جمعه توجه ویژه داشت و بارها در مسجد هدایت از اهمیت آن سخن گفته بود و پیش از پیروزی انقلاب اسلامی نیز بانی برگزاری نماز جمعه در مسجد جامع نارمک بود. بنابراین شش ماه پس از پیروزی انقلاب اسلامی پیشنهاد کرد سنت نماز جمعه احیاء شود که با موافقت امام خمینی روبرو شد.
طالقانی به عنوان امام جمعه تهران، نمازهای باشکوهی را در دانشگاه تهران با حضور جمع زیادی از مردم اقامه کرد. آخرین نماز جمعه به امامت او نیز در بهشت زهرا برگزار شد.
شانزدهم شهریور ۱۳۵۸، ششمین نماز جمعه به امامت آیت‌الله طالقانی برگزار شد. این نماز جمعه که به دلیل گرامیداشت یاد شهدای کشتار هفدهم شهریور ۱۳۵۷ در بهشت زهرا برگزار شد، آخرین نماز جمعه به امامت طالقانی نیز بود. دو روز بعد در شامگاه هجدهم شهریور او وفات یافت.
همان روز، آیت‌الله طالقانی غسال‌خانه جدید بهشت زهرا را نیز افتتاح کرده و پس از احوال‌پرسی با غسال به او گفته بود: «مرا اینجا آوردند خوب بشویی!» و سه روز بعد، پیکر او را به بهشت زهرا بردند.
طالقانی در خطبۀ اول این نماز جهاد در راه خدا و شهدای این راه را ستود و در خطبۀ دوم به اهمیت موضوع «سپردن امور به دست خود مردم» پرداخت و ریشه ناآرامی‌های کردستان را هم در عدم اجرای این امر دانست و دوباره بر ضرورت تأسیس شوراها تأکید کرد.
لازم به ذکر است که در برخی منابع به اشتباه نماز روز جمعه دوم شهریور ۱۳۵۸ را که نماز عید فطر بوده است، نماز جمعه به حساب آورده و لذا این نماز جمعه را که دو هفته بعد از آن برگزار شده، هفتمین نمازجمعه نامگذاری کرده‌اند.