۲۳ فروردین ماه ۱۳۵۸، آیت‌الله طالقانی فرزندان خود (ابوالحسن و مجتبی طالقانی و نیز هدی همسر فلسطینی مجتبی) را برای دریافت پیامی که یاسر عرفات برای او ارسال کرده بود، نزد هانی‌الحسن، مسؤول دفتر سازمان آزادی‌بخش فلسطین فرستاد. اما آنها در راه بازگشت به خانه توسط اصغر صباغیان و محمد غرضی که از اعضای کمیته و ملبس به لباس سپاه پاسداران بودند، دستگیر و به محل استقرار کمیتۀ در ساختمان سلطنت‌آباد ساواک منتقل شدند. آنها در این توقیف ۱۷ ساعته در سلول انفرادی نگه داشته شدند و دربارۀ ناآرامی‌های گنبدکاووس مورد بازجویی قرار گرفتند.
طالقانی پس از آزادی فرزندان، در اعتراض به این اتفاق، در روز ۲۵ فروردین دفاتر خود در تهران را تعطیل و به رامسر سفر کرد. در واکنش به این سفر، راهپیمایی‌های گسترده‌ای از سوی احزاب و نهادهای مختلف و دانش‌آموزان و دانشگاهیان برگزار شد که منجر به صدور اطلاعیه‌ای در تاریخ ۲۹ فروردین ۱۳۵۸ از جانب طالقانی شد. او در این اطلاعیه او ضمن قدردانی از حمایت مردم، درخواست کرد این تجمعات ادامه پیدا نکند و نسبت به خطر افراط‌گرایی چپ و راست نیز هشدار داد.

آیت‌الله طالقانی با صدور پیامی از مردم درخواست کرد تا بنا به تقاضای شهردار وقت تهران مبنی بر مشارکت عموم مردم در پاکسازی محیط شهری به خصوص در محلات جنوب تهران، مشارکت داشته باشند. این طرح روز ۲۳ فروردین ۱۳۵۸ اجرا شده است.

در آخرین روز سال ۱۳۵۷ آیت‌الله طالقانی در اجتماع مردم در میدان آزادی تهران حضور یافت و در سخنانی ضمن تأکید بر حمایت مجدد از ارتش، بین برخی از فرماندهان رده بالای این سازمان و بدنه ارتش تفکیک قائل شد و از مردم خواست تا با همبستگی و وحدت زمینه‌ساز یکپارچگی داخلی در مقابل دشمنان بیرونی شوند.