آیت‌الله طالقانی در تاریخ ۱۱ بهمن ۱۳۵۷ در پیامی از حمله به قلعۀ شهر نو ابراز ناراحتی کرد و هشدار داد ساکنان این قلعه باید مصون از تعرض باشند. او در این بیانیه اقدام حمله‌کنندگان را حرکتی ناآگاهانه و تحت تاثیر توطئه‌چینی‌ها توصیف کرده است. طالقانی پس از این واقعه افرادی را مامور سرکشی به این منطقه و بررسی وضعیت زنان کرد.

آیت‌الله طالقانی در پیامی خطاب به ارتشیان که روز دهم بهمن ۵۷ منتشر شده است، ضمن استقبال از پیوستن بخش زیادی از نیروهای ارتشی به صفوف مردم انقلابی، در خصوص نیرنگ برخی فرماندهان وابسته به طاغوت هشدار می‌دهد. طالقانی در این پیام همچنین به عموم مردم هم هشدار می‌دهد که از انتقام‌های شخصی دوری کنند و اقدامات برخی فرماندهان ارتش را به پای همه نیروهای فداکار ارتش ثبت نکنند.

آیت‌الله طالقانی در پیامی مورخ نهم بهمن ۱۳۵۷ صادر کرده از انقلابیون خواسته است موجب تشنج و آزار مردم عادی نشوند. این پیام سه بند دارد که در بند دوم نسبت به آزار مسیحیان هشدار داده شده و در بند سوم دربارۀ وضعیت جایگاه‌های توزیع نفت و بنزین توضیح داده شده است.