آیت‌الله طالقانی به نماز جمعه توجه ویژه داشت و بارها در مسجد هدایت از اهمیت آن سخن گفته بود و پیش از پیروزی انقلاب اسلامی نیز بانی برگزاری نماز جمعه در مسجد جامع نارمک بود. بنابراین شش ماه پس از پیروزی انقلاب اسلامی پیشنهاد کرد سنت نماز جمعه احیاء شود. با موافقت امام خمینی(ره) با این امر، امامان جمعه در سراسر کشور منصوب شدند و طالقانی نیز به عنوان امام جمعه تهران، نمازهای باشکوهی را در دانشگاه تهران با حضور جمع زیادی از مردم اقامه کرد. آخرین نماز جمعه به امامت او نیز در بهشت زهرا برگزار شد.
نهم شهریور ۱۳۵۸، پنجمین نماز جمعه به امامت آیت‌الله طالقانی برگزار شد. او در خطبۀ اول این نماز، تأکید کرد برای موفقیت انقلاب لازم است با دولت ( دولت موقت به نخست وزیری مهدی بازرگان) همکاری شود. در ادامه دو سورۀ جمعه و منافقین را برای قرائت در نماز جمعه مستحب مؤکد خواند و سپس به موضوع ناآرامی‌های کردستان پرداخت. در خطبۀ دوم او در ادامۀ همین بحث جزئیاتی از سفر خود به سنندج در فروردین ماه همان سال را شرح داد.
لازم به ذکر است که در برخی منابع به اشتباه، نماز روز جمعه دوم شهریور۱۳۵۸ را که نماز عید فطر بوده است، نماز جمعه به حساب آورده و لذا این نماز جمعه را که یک هفته بعد از آن برگزار شده، ششمین نمازجمعه نامگذاری کرده‌اند.