پس از پیروزی انقلاب اسلامی، به پیشنهاد آیت‌الله طالقانی و موافقت امام خمینی(ره) سنت نماز جمعه احیا شد و طالقانی نیز به عنوان امام جمعه تهران، نمازهای باشکوهی را در دانشگاه تهران با حضور جمع زیادی از مردم اقامه کرد. پنجمین جمعه از آغاز اقامه نماز جمعه، مصادف با عید فطر بود بنابراین به جای برگزاری نماز جمعه نماز عید فطر به امامت او برگزار شد. تعدادی از مسوولان عالی‌رتبه کشور نیز در صف نماز حضور داشتند.
دوم شهریور ۱۳۵۸، برابر با اول شوال، نماز عید فطر به امامت آیت‌الله طالقانی در دانشگاه تهران اقامه شد. او در خطبۀ اول ابتدا به توضیح این واقعیت تاریخی پرداخت که پیامبر(ص) پس از فتح مکه تمام امتیازات اجتماعی را ملغی کرد اما بعد از وفات ایشان دوباره آن امتیازها به جامعه برگشت تا زمانی که حضرت علی(ع) به خلافت رسید و دوباره بر لغو امتیازات تاکید کرد. سپس از این موضوع برای توصیف اوضاع ایران پس از پیروزی انقلاب اسلامی بهره گرفت. او همچنین به موضوع نبرد در پاوه و درگیری با حزب دموکرات کردستان پرداخت و اقدامات آنها را محکوم کرد. طالقانی گفت از مردم کرد انتظار دارد مقابل این جریانات بایستند. در خطبۀ دوم نیز با اشاره به فرمان امام خمینی(ره) برای پایان دادن به ناآرامی‌های پاوه تاکید کرد: «فقط کسانی که متعرض جان و ناموس و حیثیت مردم شدند، اینها باید معدوم بشوند.»