آیت‌الله طالقانی از بدو تأسیس جمعیت فداییان اسلام با آنها ارتباط داشت. البته این ارتباط به دلیل نزدیکی سیاسی-عقیدتی نبود بلکه بر مبنای دو وجه اشتراک مخالفت حکومت مستقر و گرایش به اسلام بود.
آیت‌الله طالقانی در اوایل سال ۱۳۳۳ هنگام بازگشت نواب از سفر مصر که به دعوت جنبش‌های اسلامی مخالف صهیونیسم انجام شده بود، در فرودگاه مهرآباد به استقبال او رفت.
همچنین، پس از ترور حسین علا نخست وزیر وقت توسط فداییان اسلام، آیت‌الله طالقانی علی‌رغم مخاطرات فراوان، به تعدادی از اعضای این گروه که توسط دولت تحت تعقیب قرار گرفته بودند و به دنبال پناهگاهی بودند، به مدت پنج روز پناه داد. پناه دادن به نواب صفوی و همراهانش باز هم به معنای تأیید آنها نبود بلکه به دلیل حمایت از مبارزان با حکومت و نیز ارشاد آنها بود. به علاوه، آیت‌الله طالقانی در دادگاهی که به صدور حکم اعدام برای نواب صفوی منتهی شد، حضور داشت.